《黄帝内经》共分《素问》、《灵枢》两部分，每部分各为81篇，共162篇。

《素问》主要论述自然界变化的规律、五运六气、人与自然的关系、人体的生理、病理、病因、诊断、治则、药物、病证、治法、养生等。

《灵枢》主要论述自然事物变化的规律、人与自然、人体生理、病因病机、摄生、诊断、治疗及医德等。《灵枢》的核心是脏腑经络学说。在理论上，《黄帝内经》为传统医学建立以下学说，即阴阳五行说、脉象学说、脏象学说、经络学说、病因学说、病机学说、病症、诊法、论治及养生学、运气学等，并建立了四诊参合的诊法原则。 《黄帝内经》另一个重要内容是建立了研究五运六气的运气学说。它是以五引、六气、三阴三阳为其理论基础，并配合天干、地支，来测知气候变 化的规律和疾病的流行发展。这是把人体的生理变化与自然界气候变化相统一的天人相应学术理论。