工程质量不合格处理程序是：

1、当发生工程质量问题时，监理工程师首先应判断其严重程度。对可以通过返修或返工弥补的质量问题可签发监理通知；

2、责成施工单位写出质量问题调查报告，提出处理方案，填写监理通知回复单报监理工程师审核；

3、批复承包单位处理，必要时应经建设单位和设计单位认可，处理结果应重新进行验收。

【法律依据】

根据《建筑法》第六十一条，交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。建筑工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。