在种群中，同源染色体的相同位点上，可以存在两种以上的等位基因，遗传学上把这种等位基因称为复等位基因（multiplealleles）。

一个基因如果存在多种等位基因的形式，这种现象就称为复等位基因（multipleallelism）。任何一个杂合的二倍体个体只存在复等位基因中的两个不同的等位基因。

复等位基因是由基因突变形成的。一个基因可以向不同的方向突变，于是就形成了一个以上的等位基因。基因突变的多方向性是复等位基因存在的基础。